En 1932, Emile Francqui (qui participa à la campagne anti-esclavagiste) et Herbert Hoover décidèrent de créer un Fonds axé sur l’excellence scientifique en Belgique. La Fondation Francqui fut créée par Arrêté Royal du 25 février 1932 comme Institution d'Intérêt Public.
Son but est d’apporter aux hommes et femmes de sciences un encouragement moral incontesté. Implicitement, cela comprend le soutien de la collaboration interuniversitaire.

4 grands axes

Pour réaliser ces objectifs, la Fondation opère selon 4 grands axes :

1. Le Prix Francqui : prestigieux, ce prix reconnaît les mérites d'un jeune savant belge. Il est attribué chaque année et doit être considéré comme un encouragement pour un jeune scientifique, plutôt que comme le couronnement d'une carrière (limite d'âge fixée à 50 ans). Ce prix est attribué successivement dans le domaine des sciences exactes, des sciences humain